首先來說呢電子顯微鏡能看到2nm單位以下的細(xì)胞結(jié)構(gòu)。而電子顯微鏡只能看到2nm單位以上的細(xì)胞結(jié)構(gòu)。
電子顯微鏡是以電子束為照明源，通過電子流對(duì)樣品的透射或反射及電磁透鏡的多級(jí)放大后在熒光屏上成像的大型儀器。
則是利用可見光照?，將微小物體形成放大影像的光學(xué)儀器。
概括起來，電鏡與光鏡主要有以下幾個(gè)方面的區(qū)別：
（1） 照明源不同:電鏡所用的照明源是電子槍發(fā)出的電子流，而光鏡的照明源是可見光(日光或燈光)，由于電子流的波長(zhǎng)遠(yuǎn)短于光波波長(zhǎng)，故電鏡的放大及分辨 率顯著地高于光鏡。
（2）透鏡不同:電鏡中起放大作用的物鏡是電磁透鏡(能在中央部位產(chǎn)生磁場(chǎng)的環(huán)形電磁線圈)，而光鏡的物鏡則是玻璃磨制而成的光學(xué)透鏡。電鏡中的電磁透鏡共有三組，分別與光鏡中聚光鏡、物鏡和目鏡的功能相當(dāng)。
（3）成像原理不同:在電鏡中，作用于被檢樣品的電子束經(jīng)電磁透鏡放大后打到熒光屏上成像或作用于感光膠片成像。其電子濃淡的差別產(chǎn)生的機(jī)理是，電子束作用于被檢樣品時(shí)，
（4）分辨率：光學(xué)顯微鏡因?yàn)楣獾母缮媾c衍射作用，分辨率只能局限于02-05um之間。電子顯微鏡因?yàn)椴捎秒娮邮鳛楣庠?，其分辨率可達(dá)到1-3nm之間，因此光學(xué)顯微鏡的組織觀察屬于微米級(jí)分析，電子顯微鏡的組織觀測(cè)屬于納米級(jí)分析。
（5）景深：一般光學(xué)顯微鏡的景深在2-3um之間，
放大倍數(shù)：光學(xué)顯微鏡有效放大倍數(shù)1000X。電子顯微鏡有效放大倍數(shù)。
（6）所用標(biāo)本制備方式不同：電鏡觀察所用組織細(xì)胞標(biāo)本的制備程序較復(fù)雜，技術(shù)難度和費(fèi)用都較高，在取材、固定、脫水和包埋等環(huán)節(jié)上需要特殊的試劑和操作，
（7）應(yīng)用領(lǐng)域：光學(xué)顯微鏡主要用于光滑表面的微米級(jí)組織觀察對(duì)于彩色圖像的識(shí)別掃描電鏡顯得無能為力。掃描電鏡不僅可以觀察樣品表面的組織形貌，通過使用EDS、WDS、EBSD等不同的附件設(shè)備，掃描電鏡還可進(jìn)一步擴(kuò)展使用功能。通過使用EDS、WDS輔助設(shè)備，掃描電鏡可以對(duì)微區(qū)化學(xué)成分進(jìn)行分析，這一點(diǎn)在失效分析研究領(lǐng)域段可以對(duì)材料的晶格取向進(jìn)行研究。
